A pesar de que la guerra de Cardassian ya ha terminado, el conflicto sigue en el aire. Los cardassianos no han dejado de atacar los puestos de la federación dentro de la zona desmilitarizada. La Star Fleet actúa ante las agresiones, pero algunos colonos han decidido que, en caso de emergencia, ellos mismos se encargarán de defenderse. Estos combatientes de la resistencia se llaman a sí mismos “maquis” y se están convirtiendo en un auténtico problema.
Algunos son oficiales de la Star Fleet que han dimitido o que la Star Fleet ha expulsado. La mayoría tiene una cosa en común: no les gusta seguir las estrictas normas que impone la Star Fleet. Son individuos independientes e inconformistas, seguramente mucho más duros que los integrantes de la Star Fleet.
La Star Fleet envió el Voyager para que encontrara una nave maquis tipo Peregrine, llamada Val Jean, que es un invasor. Este tipo de nave pequeña se construyó unos 40 años antes de su encuentro con el Voyager. Los invasores, relativamente pequeños, son muy veloces pero no están demasiado armados. La nave de los maquis tuvo que huir a una zona bastante desconocida, llamada Badlands, después de un ataque fallido a una nave cardassiana. Desde allí, llegó al lejano cuadrante Delta mediante una onda de transición. El Voyager también fue víctima de ese fenómeno, no menos terrible por poco usual, y fue catapultado a las profundidades de la galaxia. Incluso a velocidad warp, tardarían casi 75 años en volver a casa. La nave maquis está comandada por el capitán Chakotay, un antiguo oficial de la Star Fleet. Las tripulaciones de las dos naves deciden unirse para aumentar sus opciones de supervivencia y poder volver a la Federación, aunque a ninguno le haga especial ilusión esa extraña alianza.
Durante un ataque de Kazon, se sacrifica la nave Val Jean para salvar al Voyager. La tripulación maquis logra pasar a la nave salvada antes de que la suya explote. A partir de ese momento, todos deben colaborar aún más estrechamente. Los capitanes negocian los puntos clave, las normas y los puestos. Cuando llegan a un acuerdo, comienza este extraño viaje con los compañeros más extraños que pueda imaginarse.